В экспозиции "Сарматское озеро"представлена коллекция золотых изделий Филиповских курганов (IV в. до н.э.), которая выставлялась в России и за рубежом и получила всемирную известность. Сегодня коллекция является украшением не только Музея археологии и этнографии, но и всего музейного фонда Российской академии наук.
В самом большом зале экспонируется коллекция «Золотые олени Евразии». Это 16 одноплоскостных и 10 двухплоскостных фигур оленей, вырезанных из дерева и обшитых золотыми пластинами.
В отдельном зале выставлена золотая и серебряная посуда, деревянные сосуды с оковками из золота. Золотая и серебряная посуда, обнаруженная в тайниках Большого Филипповского кургана, изготовлена персидскими мастерами эпохи Ахеменидов (персидских царей VI – IV вв. до н.э.).

Среди сосудов – серебряный кувшин, инкрустированный тонкой золотой проволокой, чаша из золота, два серебряных ритона в виде удлиненного бокала и с протомой быка. Особенный интерес представляет амфора с двойными стенками и зооморфными ручками.
В третьем зале экспонируются оружие, украшения древних кочевников и конское снаряжение. Комплекс вооружения воина-кочевника сарматской эпохи включал в себя наборный чешуйчатый доспех из железных пластин, цельный или наборный из пластин железный шлем с нащечниками, щит со сплошным металлическим покрытием, длинное копье с массивным железным наконечником, длинный меч, боевой топор-клевец, лук и колчан с большим количеством стрел./>

Особенность музея в том, что он посвящен конкретному геологическому объекту, а именно раннепермскому ископаемому рифу Шахтау. В музее помещена коллекция, которая показывает всё многообразие рифа, образовавшегося в пермском периоде в Палеоуральском океане. Посетители имеют уникальную возможность ознакомиться с экспонатами коллекции остатков древних организмов и горных пород, собранных геологом карьера Шахтау Иваном Скуиным в 1985-2013 годы.

Гости музея знакомятся с жизнью и творчеством писателя С.Т.Аксакова, узнают о формировании его особого духовного мира. В стенах музея воссоздан интерьер, свойственный Уфе конца XVIII – начала XIX веков.

Посещение сада им. С.Т.Аксакова, места, где «растет» Аленький цветочек.